Fakultet islamskih nauka u Sarajevu najstarija je i najprestižnija institucija visokoškolskog islamskog obrazovanja u jugoistočnoj Evropi.
Fakultet islamskih nauka u Sarajevu osnovan je na temelju odluka Vrhovnog sabora i Vrhovnog islamskog starješinstva Islamske zajednice u SFRJ 1977. godine.
Rijaset Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini preuzeo je prava osnivača. Fakultet je počeo je sa radom 29. septembra 1977. godine pod imenom Islamski teološki fakultet u Sarajevu. U prethodnom periodu Fakultet se prilagođavao potrebama zajednice i zahtjevima vremena, to je rezultiralo izmjenama i dopunama nastavnog plana i programa i razuđivanjem studija. Tako je u akademskoj 1992/1993. godini teološkom odsjeku dodat i pedagoški.
Akademske 1994/1995. godine na Fakultetu je otvoren i postdiplomski studij. Akademske 2002/2003. godine izvršena je temeljita reforma cjelokupnog dodiplomskog studja, uveden kreditni sistem i ustanovljene katedre.
Fakultet islamskih nauka se naslanja na viševjekovnu tradiciju islamskog obrazovanja u Bosni i Hercegovini koja počinje sa podizanjem prvih džamija, tekija i prvih osnovnih škola (muallim-hana) u drugoj polovini XV stoljeća, nastavlja sa izgradnjom medresa, hanikaha, škola daru-l-Kur’an i daru-l-hadis u XVI stoljeću i približava evropskim modelima obrazovanja preko Šeriatske sudačke kole, Alijje višeg stepena Gazi Husrevbegove medrese i Više islamske Šeriatsko-teološke škole, u čijoj zgradi je smješten.