Ostalo je zapamćeno da je Isa-beg Ishaković utemeljio Sarajevo i, kako je narod pričao, naredio da se od prihoda njegovih imanja (vakufa) podignu razne građevine u gradu. Prvo je, kažu, sagradio dvor, šaraj, za sebe, pa onda džamiju, danas zvanu Carevu džamiju, a uz nju banju na dnu Bistrika, koju je narod nazvao Isa-begovom banjom.
Pričalo se da su pod mihrabom, udubljenjem u unutrašnjosti džamije i pod papučlukom, gdje se skida obuća, zakopana dva brata. Prije osvojenja Bosne na dvije stotine godina, jedan je brat živio na maštriku (istoku), a drugi na magribu (zapadu) turske carevine, ali su se jednog dana, nakon dugo vremena, ponovo sreli u jednoj šumi, baš na mjestu gdje je danas Careva džamija.
Stariji brat tada reče mlađem:
“Brate, naredi da te kad umreš zakopaju na mjestu gdje će biti džamijski mihrab, a ja ću narediti da mene zakopaju niže tebe, da na meni bude papučluk”.
Po predanjima i legendama smatra se da im se ostvarila ta želja kada je Isa-beg sagradio Carevu džamiju. U kamen je bila uklesana oznaka koja je sjećala na grob mlađeg brata.
O Carevoj džamiji postoji i predanje da je Isa-beg svojom vakufnamom, ispravom o zadužbini, odredio jedan vrijedan dragi kamen za slučaj velike potrebe. Taj skupocjeni kamen ukrao je stari čistač Careve džamije, ali je kamen pronađen i zakopan u zidu pri mihrabu. Mnogi kažu da se i danas vide dva znaka gdje je ta dragocjenost zakopana.