Džamiju Čobanija je prije 1562. godine sagradio čoban Hasan Vojvoda, koji je u blizini 1557. godine podigao prvu drvenu ćupriju, a po kojem danas naziv nose most, ulica, džamija, ali i cijelo naselje na lijevoj obali Miljacke.
Pričalo se u starom Sarajevu da je neki čoban sjedio čuvajući ovce i trijebio se od ušiju, pa kako bi koju uhvatio, tukao bi je na kamenoj ploči. Zanio se u mislima, sjedeći tako sam na kamenu.
Kad je ubio četrdeset i jednu uš, kamen na kome je sjedio raspukne se sam od sebe i ukaže se blago, dukati. Na blagu je bio tajni znak, tilsum, da se blago neće naći dok se ne žrtvuje 41 krv, pa čija bila. Čoban pokupi dukate i odluči da na tom mjestu sagradi džamiju. I tako je u 16. vijeku od tog blaga i dukata sagrađena Čobanija džamija, a čoban je kasnije postao čuveni čoban-Hasan vojvoda.
Džamija Čobanija je prostrana džamija sa kamenim minaretom u čiji je zid uzidana kamena ploča na kojoj je na turskom jeziku uklesana pjesma – natpis o njenoj obnovi.
Uz džamiju koju je 1874/75. iz temelja obnovio Fadil-paša Šerifović, nalazi se groblje, manje u odnosu na prvobitno, a smatra se da nišan kod minareta, osmougaone osnove, ograđen santračem i bez natpisa, označava grob dobrotvora čoban-Hasana.
Ova sarajevska džamija smještena na raskrsnici ulica Skenderija, Čobanija i Hamdije Kreševljakovića, proglašena je nacionalnim spomenikom BiH.