Ideja za osnivanje Fakulteta nastala je daleke 1946. godine, a sljedeće godine uslijedile su i prve organizacijske pripreme te je formirana posebna komisija sastavljena od eminentnih veterinarskih stručnjaka.
U komisiji su bili dr. Edhem Čamo, dr. Ekrem Maglajlić, dr. Vaso Butozan, dr. Muhamed Dusinović i dr. Alija Talić sa zadatkom da pokrenu inicijativu za osnivanje Veterinarskog fakulteta u Sarajevu.
Na temelju pripremljenog elaborata i prijedloga, Vlada Bosne i Hercegovine 4. augusta 1949. godine donijela je Uredbu o osnivanju Veterinarskog fakulteta u Sarajevu. Početkom 1950. godine imenovana je Komisija matičara u sastavu: prof. dr. Vaso Butozan, rektor Univerziteta u Sarajevu, prof. dr. Nikola Zdanevski, prof. dr. Vladimir Drecun, doc. dr.Ekrem Maglajlić, svi sa Poljoprivredno-šumarskog fakulteta, te prof. dr. Aleksandar Sobovljev s Medicinskog fakulteta u Sarajevu. Iste godine, 16. oktobra, obilježen je početak rada Fakulteta. Veliku pomoć za osiguranje nastavnog kadra dao je Veterinarski fakultet iz Zagreba.
U prvim godinama rada Fakultet je bio smješten na dvije lokacije u gradu: u adaptiranim prostorima bivše Vojne veterinarske bolnice na Dolac-Malti i zgradi bivšeg Ministarstva saobraćaja u ulici Đure Đakovića (danas Alipašina ulica). Danas se Fakultet nalazi u zgradi koja je useljena 10. decembra 1974. godine u ulici Zmaja od Bosne br. 90.
Danas Fakultet baštini i poslove nekadašnjeg Državnog veterinarskog zavoda NRBIH koji je osnovan 1949. godine. Zavod se 1960. godine integrirao s Fakultetom i formiran je Naučnoistraživački institut Veterinarskog fakulteta u Sarajevu, koji prerasta u RO Veterinarski univerzitetski centar s četiri OOUR-a (Sarajevo, Banja Luka, Tuzla, Mostar). Danas je taj Institut organizaciona jedinica Fakulteta, a Zavodi u Tuzli, Mostaru i Banjoj Luci su postali samostalni. U novostvorenim uvjetima zajedničkog rada nastavnici i saradnici su objavili preko 6.500 naučnih i stručnih radova i ostvarili brojne naučne projekte i kontakte s naučnim, nastavnim i stručnim veterinarskim institucijama u svijetu. Veterinarski fakultet odigrao je i značajnu ulogu u osnivanju i radu Univerziteta u Sarajevu.
Od prestanka ratnog stanja 1995. g., u kratkom vremenskom periodu učinjeni su značajni pomaci u obnovi i unapređenju rada na Fakultetu. Zgrada Fakulteta renovirana je vlastitim sredstvima, nabavljena je i neophodna nastavna i istraživačka oprema, značajno je osavremenjena nastava, uspostavljene su pokidane veze i nova saradnja s većim brojem veterinarskih fakulteta u: SAD-u, Turskoj, Italiji, Mađarskoj, Libiji, Maleziji, Egiptu, Norveškoj, Njemačkoj, Španiji, Sloveniji, Hrvatskoj, Srbiji, Crnoj Gori, Makedoniji, Portugalu, Austriji.