Prirodno-matematički fakultet u Banjoj Luci je nastao 12.09.1996. godine, da bi zvanično počeo sa radom 28.09.1996.
Nastao je izdvajenjem grupe prirodnih nauka iz sastava Filozofskog fakulteta u Banjoj Luci. Prilikom osnivanja Fakulteta formirani su odsjeci: Geografija i etnologija, Biologija, Matematika i informatika i Fizika.
Odsjek za hemiju formiran je 1997. godine, a od školske 2006/07. formirani su Odsjek za ekologiju i zaštitu životne sredine i Odsjek za prostorno planiranje.
Nastava na Prirodno-matematičkom-fakultetu se izvodi na sedam studijskih programa, sa 14 usmjerenja.